计算机科学系于2001年成立,挂靠在数学系,2002年独立建系,2006年更名为计算机科学与工程系。现设有计算机系统结构、计算机软件与理论、计算机应用技术、信息管理技术等四个教研室和一个计算机教学实验室。2000年开始招收计算机科学与技术专业本科生,2004年获学士学位授予权。现设有计算机科学与技术、信息管理与信息系统、网络工程等三个全日制本科专业,其中计算机科学与技术专业按师范、非师范和软件工程三个方向招生;2006年“计算机应用技术”增设为硕士学位授予点,2007年首次招生,现有在校研究生16人,本科生约1600人。

2007年获批计算机应用技术省级重点建设学科,2008年获批信息安全与计算机网络福建省高校重点实验室。现拥有一个省级计算机科学与技术特色专业,一个省级软件工程人才培养模式创新实验区,一个省级精品课程“离散数学”,一个计算机应用技术与信号系统研究生教育创新基地,二个校级精品课程,二个校级教学团队,一个院级实验教学示范中心。实验教学示范中心拥有专业实验室12个,面积2037平方米。

现有专任教师60人,正高7人、副高15人;具有博士学位14人,硕士学位29人,硕士生指导教师8人。