学校有分南校区和北校区。其中南校区主要是人文学院，交通学院以及机械学院，其他的学院主要分布在北校区。学生的话，北校区的人数较多，南校区人数较少。

在福建工程学院的管理系一般都分布在北区，而工程系和人文系在南区，南北区都有操场，但只有北区有图书馆

本部有南北校区，其他还有鳝溪校区和国脉信息学院。本部院系分布在教学区周围的一栋栋大楼里。学生统一安排在a到i这些生活区里，每个生活区有2到6栋不等的宿舍楼

三个校区，旗山校区为理工科和文科还有海峡工学院。鳝溪校区为互联网经贸学院，另外还有一个浦东校区，为专升本的应用技术学院

有三个校区，旗山校区，鳝溪校区，铜盘校区。旗山校区为本部校区，大部分学生在那边。鳝溪校区和铜盘校区是分校区。